迷失岛2：时间的灰烬中没有可以直接拾取的“树枝”道具，玩家要找的是通往飞船的大树路线。获取方法是先拿到种子，再回到过去交给海边的小男孩种下；切换回现在后，原本的空地会长出大树，点击树干或树枝即可向上攀爬，进入飞船区域。这个流程没有等级、金币或属性要求，真正的限制是必须按顺序完成化石蛋、种子和时空切换三步。
最关键的种子来自工厂研究员房间的压碎机器，前置道具是化石蛋和胶带。先在轮船甲板上把蓝色羽毛交给坐在行李箱旁的人，打开箱子后拿到化石蛋；随后前往工厂，点击机器旁边断开的电线，使用胶带修好线路，再把化石蛋放到机器的操作台上，拉下操纵杆将其压碎，机器会直接产出种子。若机器没有反应，通常是胶带尚未使用，或者化石蛋还没有从甲板箱子中取出。
拿到种子后必须切换到过去时空，并前往海边右侧、靠近悬崖的位置寻找小男孩。先与小男孩对话，听到他需要种子，再在物品栏选中种子点击小男孩，触发种植过程；如果直接在现在时空点击空地，或没有完成对话就尝试使用种子，都不会生成大树。种子交给小男孩后不需要等待现实时间，也不用重复浇水或寻找其他工具，完成一次时空切换即可进入下一阶段。
返回现在时空后，回到交种子的同一片海边区域，原来的位置会出现一棵已经长大的树。点击树的下方或明显的攀爬入口，角色会沿树枝向上移动，抵达飞船门前；此时还需要根据工厂外星人房间墙上的图案调整飞船门锁，才能正式进入内部。树长出来却无法攀爬时，优先确认是否给的是过去的小男孩，以及是否回到了完全相同的海边场景；只要种植步骤完成，树不会因为重复切换、离开地图或推进其他普通谜题而消失。
